El diagnóstico del CDIS generalmente se realiza con la tinción histológica habitual de hematoxilina y eosina y únicamente en casos seleccionados se recurre a las técnicas de inmunohistoquímica para diferenciarlas de otras lesiones.
El CDIS es generalmente una lesión subclínica, por ende, es muy importante la intervención de la imagenología tanto en su detección, como en el estudio de las biopsias y resecciones.
El diagnóstico histopatológico y la realización de pruebas complementarias con interés diagnóstico, pronóstico y predictivo son altamente susceptibles de la fase pre-analítica siendo irreversible y, por tanto, fundamental el proceso de fijación de la muestra, en el cual toma parte todo el equipo multidisciplinario.