Con algunas excepciones, los algoritmos de tratamiento para carcinoma de CCE de orofaringe asociados o no a p16 son idénticos. Algunas investigaciones sugieren que la desescalada de dosis puede adoptarse en carcinomas p16 positivo. De igual forma se ha sugerido el uso de RT guiada por imágenes (IGRT) y la irradiación unilateral del cuello, cuando no hay evidencia de enfermedad ganglionar bilateral en los casos p16 positivos.

Los protocolos de tratamiento de desescalada de dosis en neoplasias asociadas a p16 localmente avanzadas son objeto de investigación en ensayos clínicos que están en curso. Las estrategias bajo investigación activa incluyen la reducción de dosis de RT estratificada por respuesta en función a biomarcadores, el uso de la RT sola frente a la quimiorradiación, el uso de procedimientos quirúrgicos menos invasivos como la microcirugía láser o robótica transoral (TORS), el uso de terapia sistémica secuencial con RT y el uso de inmunoterapia IT